汇总：生物信息学常用数据库、软件及下载URL

NCBI []

NCBI (National Center for Biotechnology Information）是就是指新泽西州国立海洋生物电子技术所属单位

EMBL []

欧洲海洋生物技术检验室EMBL（The European Molecular Biology Laboratory）

DDBJ []

DDBJ(DNA Data Bank of Japan)，于1984年创设，是世上六大DNA 索引之一，与NCBI的GenBank，EMBL的EBI索引共同组成的国际DNA索引

CNGB []

近现代国家索引（China National GeneBank）毗邻深圳大鹏新区，是继世上六大索引此后的全球第四大国家级索引。它是近现代首个，也是唯一一个国家种质，相对全球另外三个种质而言，国家种质样品完好的规模、存储量和可访问的数据库量均是全球最大。

BIGD []

近现代国家真核海洋生物科学数据库中心 生命与肥胖大数据库中心 (National Genomics Data Center BIG Data Center)

miRBase []

piRNAbank []

piRNAbank []

SILVA []

LncRNAdb []

真核海洋生物

LncRNAwiki [_Page]

人类长非格式RNA索引

Rfam[]

类似于Pfam的RNA家部族评注索引

Human protein atlas [ ]

体液复合物在细胞膜、秘密组织、临床条件下的解读

Pfam []

Pfam是氨基酸家部族的索引，包含使用马氏马尔可夫模型生成的评注和多脱氧核糖大分子分析。

SwissProt []

手动评注的非冗余复合物脱氧核糖大分子索引

UniProt [ ]

PIR []

Antibodies []

BRENDA [ ]

HPRD []

InterPro []

通过整合多个复合物特别索引，缺少了一个便捷的对复合物脱氧核糖大分子顺利完成动态评注的平台，包含对氨基酸家部族、在结构上域、动态启动子的假设

iProClass []

PRF []

REBASE []

PDB []

通过检验测就其的在结构上

SCOP []

CATH []

PSI []

PROSITE []

最全面

Pfam []

最机械工程

ProDom []

CCD []

Prints []

SMART [ ]

TIGRFAM []

STRING []

DIP []

检验验证的复合物相互起到索引

BioGRID [] ：

IntAct [ ]

MapMan：一个动态强大的糖类除此以外查看和校对插件

KEGG []

GO []

NCBI BioSystems []

IMP []

plantCyc []

MANET [ ]

MetaNetX [ ]

MataboLights []

HMDB []

YMDB []

ECMDB []

Planteome []

dbGaP []

IPPN []

GeneCard []

Gene Wiki[_Wiki ]

Blast []

Interproscan []，

WEGO []

KAAS []

FGENESH []

AUGUSTUS [ ]

GENESCAN []

GeneMark []

Glimmer []

Exon-Intron Graphic Maker []

根据候选突变的外显子和内含子等文档手绘突变在结构上

Blastp [_TYPE=BlastSearchCoLINK_LOC=blasthome]

可该插件受益复合物在结构上域的评注和后方文档

ArrayExpress [ ]

数据库来自EMBL的高通量动态真核海洋生物学检验的数据库；

BAR []

在系统性突变动态时，不一就其会参考突变的解读Mode，即突变在木本植物不尽相同秘密组织不尽相同发育时期的解读金属量变化。通过该插件系统性网站BAR对候突变顺利完成解读系统性。 是一个木本植物生信系统性资源网站，用该网站系统性突变解读时，不仅可以赢得突变解读Mode的热图，还可以赢得可视化的电子荧光相片，直观呈现突变在木本植物秘密组织中的解读后方。

GSDS []

Gene Structure Display Server，基于真核海洋生物评注副本手绘脱氧核糖大分子突变在结构上等动态

ProtParam []

复合物特性系统性是就是指复合物的一些宇宙学和化学参数，如反应性、等电点、和离子组成、消光值、半衰期、不稳就其值、三酸甘油酯部族基准、奉诏水。这些参数，有助于顺利完成复合物的特别异种检验。比如在体外制度化（大肠氨基酸球菌、酵母菌等）解读和纯化再度目标复合物时，无需考虑复合物的反应性、等电点、消光值、不稳就其值和奉诏水等。在氨基酸活检验中，也无需根据这些参数简化检验制度化。

Protscale []

复合物的亲磁性性主要由其侧氨基酸官能团R，如果R只是H或是C、H两元素组成的话，都是磁性的，如果含有磁性侧氨基酸官能团，如-OH、-SH、-COOH、-NH2 等，则就是磁性的（水与的）。磁性性有嘧啶、色氨酸、谷氨酸、组氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、丙氨酸和腺苷（谷氨酸）。磁性性在氨基酸外部，在保持稳定氨基酸的三级在结构上上，氨基酸和基质、免疫球蛋白和复合物除此以外的相互起到等各种非配体的分子相结合方面，不具最重要起到。

TMHMM []

复合物的衔接管壁在结构上系统性对于假设复合物的亚细胞膜就其位密切特别。如果不具衔接管壁在结构上，复合物很可能就其毗邻细胞膜中与管壁特别的在结构上，如细胞膜质管壁、叶绿体管壁或线粒体管壁等内管壁系统。此外，复合物衔接管壁在结构上系统性对于复合物动态系统性也有一就其的帮助。比如某复合物没有衔接管壁在结构上，但是亚细胞膜就其位检验显示其可就其毗邻管壁特别在结构上，这说明该复合物可能通过其他管壁就其位复合物雇用无论如何的。

SignalP []

山峰波形后方为波形肽切割点，山峰之前的脱氧核糖大分子为波形肽

波形肽是就是指为了让新化学合成的氨基酸向增生路中转移的短肽氨基酸，常会毗邻复合物的N-末端，负责把氨基酸为了让到不尽相同管壁在结构上的亚线粒体内。格式增生复合物的mRNA在翻译者时首先化学合成N末端的波形肽，它被波形肽识别系统复合物(SRP)所识别系统，SRP将核糖体可携带至内质网上，内质网管壁上的 SPR 受体识别系统并与之相结合。新化学合成复合物在波形肽为了让下到达内质网内腔，而波形肽则在波形肽氨基酸的起到下被摘除。由于它的为了让，高年级的就只能通过内质网管壁进到腔内，再度被增生到胞外。在寄主菌中解读经年累月复合物时，比如说波形肽为了让经年累月复合物就其位增生到胞外，增加复合物可溶，在原核解读系统（大肠氨基酸球菌、芽孢氨基酸球菌等）和真核解读系统（如毕珠酵母菌）中均有分析方法。

NetPhos []

KinasePhos-2.0 []

氨基酸甲状腺激素就是指由氨基酸激氨基酸催化的把 ATP 的氨基基转移到底物氨基酸残基（丝氨酸、苏氨酸、嘧啶）上的过程，或者在波形起到下相结合 GTP（不一就其以 GTP 变为 GDP），是海洋生物体内一种比如说的通气方式，在细胞膜调控的过程中起最重要起到。在波形超出时通过赢得一个或几个氨基财团而被激活，而在波形向西移动时能去除这些财团，从而失去活性。有时某个波形复合物甲状腺激素不一就其引发中下游的复合物分别为再次发生甲状腺激素，过渡到甲状腺激素适配反应。

二、海洋生物文档学插件及下载氨基酸接：

Clustal:

MEGA:

MAFFT:

Sequence Matrix:

PGDSpider:

DnaSP v6:

Arlequin:

MapMan：

PartitionFinder:

jModelTest:

IQ-TREE:

IQ-TREE该插件:

RaxmlGUI:

Mrbayes 3.2.7:

PhyloSuite:

BEAST:

Figtree:

Tracer:

PopART:

Network:

Structure:

CLUMMP:

Distruct:

Migrate-N:

Phylonet: 或